V České republice vznikla první, formálně ustavená Škola doktorských studií v přírodních vědách. V návaznosti na svou dlouholetou úzkou spolupráci ji založily Biologické centrum Akademie věd ČR a Přírodovědecká fakulta Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích (JU). Hlavním smyslem je zkvalitnit vzdělávání doktorských studentů a těsněji je zapojit do výzkumných projektů, což jim přinese ideální podmínky pro start jejich vědecké kariéry. Zároveň obě instituce zformalizovaly ekonomické a organizační záležitosti, např. sdílení drahých přístrojů.

Vědecké ústavy Biologického centra Akademie věd ČR stály spolu s dalšími jihočeskými pracovišti Akademie věd u samého zrodu Biologické fakulty JU na počátku 90. let minulého století, později přeměněné na Přírodovědeckou fakultu JU. Již od té doby se datuje tradice těsných, oboustranně výhodných vztahů mezi těmito dvěma odlišnými institucemi (neuniverzitního a univerzitního typu). Jejich společným cílem i nadále zůstává akademická excelence ve vzdělávání a vědecké činnosti. „Školy doktorských studií jsou běžnou součástí nejvyšší formy vzdělávání ve vyspělých zemích světa. Jejich nezastupitelná role je ve vytváření motivačního prostředí, jsou chloubou toho nejlepšího na univerzitách a nástrojem pro oboustranně prospěšnou spolupráci s vědeckými institucemi neuniverzitního typu. V české legislativě nejsou dosud školy doktorských studií zakotveny ke škodě kvality uskutečňovaných doktorských programů,“ říká děkanka Přírodovědecké fakulty JU Hana Šantrůčková.

Škola doktorských studií v přírodních vědách Biologického centra AV ČR a Přírodovědecké fakulty JU byla ustavena rámcovou smlouvou mezi oběma partnery. Na základě této smlouvy budou obě instituce společně využívat a budovat sdílené laboratoře s nákladným přístrojovým vybavením a zázemím pro výzkum v přírodních vědách. Jedná se zejména o excelentní pracoviště integrativní mikroskopie (elektronová a kryoelektronová mikroskopie, laserová konfokální a fluorescenční mikroskopie s vysokým rozlišením), proteomiky a metabolomiky, bioinformatiky či hmotnostní spektrometrie stabilních izotopů. 

Kromě sdílení zázemí je největší důraz kladen na kvalitu doktorského studia a směřování studentů k vědecké kariéře. „Na Biologickém centru nyní máme 133 doktorandů. Umožníme jim, aby poznali vědeckou práci až na dřeň a sžili se s ní. Chceme je připravit na vědeckou dráhu,“ říká Libor Grubhoffer, ředitel Biologického centra AV ČR, který byl zároveň prvním děkanem Přírodovědecké fakulty a později rektorem Jihočeské univerzity. Rámcová smlouva mezi oběma institucemi se týká ale i pregraduálních studentů (bakalářské a magisterské programy) a postdoktorandů (absolventů doktorského studia). V budoucnosti se počítá, že se Škola doktorských studií v přírodních vědách stane součástí Jihočeské školy doktorských studií, o jejímž vzniku jedná vedení Jihočeské univerzity s předsedkyní AV ČR Evou Zažímalovou.

Doktorské studium je nejvyšší možný stupeň vysokoškolského vzdělání, jemuž předchází úspěšné dokončení magisterského programu (titul Mgr.). Doktorské studium trvá 4 roky, během nichž student pod vedením školitele pracuje na vlastním výzkumném tématu. Doktorandi Jihočeské univerzity jsou velmi často zaměstnáni na Biologickém centru a podílejí se i na dalších vědeckých projektech. Závěrem studia je disertační práce, po jejíž úspěšné obhajobě získává student doktorský titul Ph.D.